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ddPCR检测技术可快速评估CRISPR效率

发布时间:2017-07-27

Bio-Rad公司近日宣布推出ddPCR™GenomeEditDetection Assays,可利用微滴式数字PCR(ddPCR)技术来鉴定CRISPR/Cas9所产生的编辑。

CRISPR/Cas9基因组编辑是一种强大的技术,但编辑效果往往取决于多个实验条件,包括使用的细胞类型、转染方法、目标序列,以及其他许多因素。基因组编辑的成功率通常不高,以干细胞为例,成功的基因组编辑也许不到5%。

目前有许多方法可评估基因组编辑的效率,包括新一代测序(NGS)和高分辨率熔解分析等,不过它们在时间、成本或性能上或多或少存在不足。例如,NGS的周转时间通常为几周,而且分析很复杂,这使其不大适合常规筛选。此外,为了提高灵敏度,人们需要对同一DNA多次测序,这大大增加了时间和成本。

如今,借助Bio-Rad的ddPCR技术,研究人员能够在更短的时间内,以更低的成本来精确评估基因组编辑的效果。这种技术将样本分成数千个微滴,大大提高了信噪比,让用户可定量极其稀有(频率低至0.5%)的编辑,并在一天之内获得结果。

ddPCR与CRISPR强强联合,已在多篇论文中发表。杜克大学在《Science》上发表了一种基于ddPCR的方法,来检测那些治疗小鼠杜氏肌营养不良的基因编辑。《Nature Protocols》和《Scientific Reports》也发表了详细的ddPCR策略,以便评估基因组编辑的效果。最近,Broad研究院的研究人员也利用ddPCR来验证一种基于CRISPR的核酸检测平台的灵敏度。

德国汉堡-埃本德多夫大学医疗中心的教授Boris Fehse表示:“基因组编辑不仅在基础和应用科学中大有希望,在基因治疗领域更是如此。治疗应用需要高度灵敏、可靠且容易开展的检测来监控效率及潜在的副作用。在我看来,数字PCR是满足这些需求的理想工具。”

Bio-Rad的数字PCR检测是基于水解探针的。它们能够与QX200 微滴式数字PCR系统结合使用,以出色的准确性、精确性和灵敏度对目标DNA分子进行绝对定量。现在,用户可通过Bio-Rad的Digital Assay 网站,来指定他们的序列并订购检测。

(信息来源:生物通)